福建省湄洲湾港口管理局于2009年8月2日建置成立、于2012年4月1日重新整合后揭牌运作，标志着湄洲湾港口一体化迈出关键步伐。该局局地址在 泉州 。至此，福建省厦门港、福州港和湄洲湾港三大港口格局正式形成。自2009年湄洲湾港口管理局成立以来，湄洲湾港区内累计投资额97亿(至2012年8月)。湄洲湾港位于中国东南沿海中部，北毗福州港，南邻厦门港，与台湾隔海相望。湄洲湾港的港口设施主要分布在兴化湾、湄洲湾、泉州湾、深沪湾、围头湾等五大海湾。湄洲湾港规划建港自然岸线总长182公里，其中深水港线42.9公里。至2011年底，已开发利用岸线50.8公里。全港拥有拥有生产性泊位147个，其中万吨级以上深水泊位24个;码头年设计吞吐能力10232万吨，其中集装箱145万标准箱。湄洲湾港将重点发展以大宗散货运输为主，加快发展以内贸集装箱运输为主的泉州湾，适度发展服务当地经济和临港工业的其他港区，逐步发展成为面向东南沿海、服务对台交流合作和中西部发展的海峡西岸大宗散货和集装箱运输相协调的主枢纽港。整合后的湄洲湾港已经成为福建省重点发展的三个亿吨大港之一。2011年，湄洲湾港共完成货物吞吐量1.14亿吨，占全省沿海港口吞吐量的31%。湄洲湾航道三期工程4月1日正式动工。该项目总投资约30亿元，是福建历年以来投资最大、等级最高的航道项目，也是福建省第一个获得世行贷款的港航建设项目。按照规划，湄洲湾航道三期工程将于2015年全面建成，建成后湄洲湾主航道通航等级将提高至40万吨。届时，湄洲湾将可通航、靠泊目前世界上最大的40万吨铁矿砂船、45万吨原油船和22万吨煤炭船等各类型散货船。

　　组建整合

　　港口组建根据福建省人民政府2008年17号省长办公会议纪要、2009年第97号福建省人民政府《关于研究湄洲湾港口一体化有关工作会议纪要》精神和福建省机构编制委员会办公室《关于设立福建省湄洲湾港口管理局及相关事业单位问题的批复》(闽委编办[2009]97号)，福建省交通厅受命发布公告：自2009年8月3日起，福建省湄洲湾内泉州市港口管理局所辖的肖厝、斗尾港区.与莆田市港口管理局所辖的秀屿、东吴港区合并组成新的湄洲湾港，成立福建省湄洲湾港口管理局。新组成的福建省湄洲湾港各港区对外统称湄洲湾港秀屿港区、湄洲湾港东吴港区、湄洲湾港肖厝港区、湄洲湾港斗尾港区。依据《港口法》、《福建省港口条例》等法律、法规、规章的规定和福建省人民政府的确定以及福建省机构编制委员会办公室的批复，福建省湄洲湾港口管理局为福建省交通厅直属事业单位，负责湄洲湾内港口、航道的管理、规划、建设、养护等工作。福建省湄洲湾港口管理局下设秀屿港务管理站、肖厝港务管理站和引航站、航道管理站4个直属事业单位。同时，撤销泉州、莆田市港口管理局在湄洲湾内所属的相关港口管理机构：湄洲湾内港政航政、水路运政、港口航道规划建设、引航、规费征收等职能一并由湄洲湾港口管理局行使。

　　港口整合

　　福建省湄洲湾港口管理局在福州挂牌成立根据福建省人民政府第87次省政府常务会议精神和《福建省人民政府关于深化湄洲湾港口管理体制一体化改革方案的批复》(闽政文〔2012〕第108号)，福建省交通运输厅受命公告：自2012年4月1日起，福建省行政区划内原湄洲湾港的四个港区(肖厝港区、斗尾港区、秀屿港区、东吴港区)、泉州港的三个港区(泉州湾港区、深沪湾港区、围头湾港区)以及莆田港的兴化湾港区，合并组成湄洲湾港。原泉州市港口管理局、莆田市港口管理局及其相关机构相应并入福建省湄洲湾港口管理局。依据《港口法》、《福建省港口条例》、《福建省航道条例》等法律、法规的规定，整合后的福建省湄洲湾港口管理局依法行使港口管理职能，负责泉州市、莆田市辖区内港口、航道的规划、建设、养护、管理等工作。整合后的湄洲湾港八个港区对外称湄洲湾港兴化湾港区、湄洲湾港东吴港区、湄洲湾港秀屿港区、湄洲湾港肖厝港区、湄洲湾港斗尾港区、湄洲湾港泉州湾港区、湄洲湾港深沪湾港区、湄洲湾港围头湾港区。